Inter-institutionelle aftaler
Kommissionen, Europa-Parlamentet og Ministerrådet kan i praksis ændre og udbygge det traktatmæssige grundlag ved fælles aftaler. Virkningen er her den samme, som hvis man ændrede de eksisterende traktater. Disse såkaldte "inter-institutionelle" aftaler er bindende for de institutioner, der indgår dem.
På den måde har Europa-Parlamentet fået øget sine beføjelser over pengene i EU.
Nice-traktaten tillod kun inter-institutionelle aftaler, når alle tre institutioner deltog Det insisterede Ministerrådet på, efter en aftale mellem EU-Kommissionen og Europa-Parlamentet om adgang til visse fortrolige dokumenter, som Ministerrådet var utilfreds med.
Lissabon-traktaten giver hjemmel til nye bindende institutionelle aftaler mellem alle tre institutioner, se Lissabon-traktatens artikel 295 TFEU.